Nasceu em 7 de fevereiro de 1619, em Beaune.
Seus pais, Pierre Parigot e Jeanne Bataille, eram dois burgueses influentes e prósperos, que muito cedo direcionaram a menina a uma vida autenticamente cristã. Aos 12 anos de idade, Margarida perdeu os pais. Seu tio sacerdote, que fizera a doação do antigo convento às carmelitas, achou melhor entregar a sobrinha aos cuidados das monjas, confiando a elas a educação da piedosa criança.
Assim, em 24 de setembro, com permissão especial dos superiores, entrou no Carmelo, recebendo no mesmo dia a primeira Comunhão das mãos do tio. De acordo com o costume da época, é-lhe imposto um novo nome, ao qual – como lembrança da graça especial concedida naquele dia à feliz menina – foi acrescentado o apelativo “do Santíssimo Sacramento”.
Desde o tempo de seu noviciado, ela compreendeu com surpreendente clareza que Deus lhe confiara uma missão particular: deveria fazer conhecer ao mundo os tesouros da divina Infância e os dolorosos sofrimentos do Salvador.
No Carmelo de Beaune, Margarida encontrou não somente uma profunda compreensão à sua devoção e ao seu amor ao Menino Jesus, mas também um fertilíssimo terreno no qual o grão de trigo poderia lançar raízes e crescer abundantemente.
Nos primeiros anos de sua vida religiosa, enfrentou sofrimentos indizíveis sob os ataques muitas vezes duríssimos e violentos do perverso inimigo. Algumas vezes, parecia que a pobre menina tivesse que lutar contra “os principados e potestades, contra os príncipes deste mundo tenebroso, contra as forças espirituais do mal espalhadas nos ares”. Tudo, porém, servia apenas para purificar seu amor, fazendo com que se refugiasse unicamente aos pés do Pequeno Jesus.
Todas as manhãs e todas as noites, Margarida passava longos tempos em oração diante do Menino Jesus. Quando ficou gravemente enferma e sentiu aproximar-se a sua última hora, pediu insistentemente que lhe concedessem a alegria de ver o seu querido Rei da Graça transportado para as imediações da enfermaria, para poder fixa-lo e realizar seu extremo sacrifício sob seu olhar.
Morreu em 1648, aos 29 anos.
O decreto sobre as virtudes heroicas foi promulgado em 10 de dezembro de 1905.