Em julho de 1936, quando começou a perseguição religiosa, Padre João de Jesus e os outros quatro confrades se encontravam em Lleida. Nos primeiros dias, escondiam-se em pomares vizinhos ao convento, assistidos por alguns amigos e apoiadores. Decidiram ir à vizinha cidade de Alcarràs para procurar um refúgio seguro. Mas, assim que começaram a deslocar-se, encontraram um grupo do partido armado, que lhes pediu que se identificassem e confessassem a própria pertença aos frades de Santa Teresa. Foram assassinados imediatamente. Era o dia 25 de julho de 1936.

O decreto sobre o martírio foi promulgado em 3 de junho de 2013. A cerimônia de beatificação ocorreu e 13 de outubro de 2013.