Nasceu na cidade de Calahorra, na Espanha, em 27 de janeiro de 1564, filho de Diego de San Pedro e Ana de Ustarroz.

Na Universidade de Alcalá de Henares, junto aos estudos de filosofia e teologia, especializou-se em língua latina e grega, tornando-se elegante latinista, excelente dialético nas controvérsias escolásticas e conhecedor da língua hebraica.

Em 1582 entrou no noviciado dos carmelitas descalços em Pastrana, assumindo o nome de João de Jesus Maria. Emitiu sua profissão em 23 de janeiro de 1583. Em 1584, foi enviado à Itália, à recém-constituída comunidade de Gênova. Ali foi ordenado sacerdote em 1590. Foi mestre de noviços – primeiro em Gênova, depois em Roma –: cargo que distinguiu o ministério de toda a sua vida. Em 1594, foi enviado a Roma como mestre dos noviços e em 1597 recebeu o encargo de revisar as Constituições e leis da Ordem depois que Clemente VIII tornara independentes os ramos italiano e espanhol.

No Capítulo geral de 1605, João de Jesus Maria foi eleito conselheiro geral e mestre dos noviços. Naquele de 1608, foi eleito procurador geral da Ordem, ofício com o qual levou adiante a causa de canonização de Madre Teresa de Jesus, da qual foi um dos primeiros biógrafos.

No Capítulo geral de 1611, celebrado em Montecompatri, João de Jesus Maria foi eleito Prepósito geral. Durante seu generalato, foi instituído o “Seminário das missões”, a princípio junto à igreja de San Paolo negli orti sallustiani de Roma (hoje Santa Maria della Vittoria), posteriormente transferido para as proximidades da Basílica de San Pancrazio fuori le mura. Graças aos frutos desse Seminário, os carmelitas descalços puderam abrir casas em Ormutz, no Golfo Pérsico; em Tatta, na foz do rio Indo; em Goa, na Inglaterra (1614), em Paris, Louvain, Leopoli (em 1613, com a finalidade de favorecer a reconciliação dos rutênios com Roma), Colônia, Milão (1622), Bolonha.

Terminado o seu mandato de superior geral e prevendo a morte próxima, quis retirar-se à solidão de Montecompatri. Ali morreu em 28 de maio de 1615.

Em 7 de maio de 1999 foi concedido o decreto de validade da investigação diocesana sobre “vida, virtudes e fama de santidade”.

Em 25 de novembro de 2021 foi promulgado o decreto sobre as virtudes heroicas.