Nacque a Villapalacios (Albacete) nel 1544 e passò una giovinezza piena di stenti facendo il pastore.

Ventenne si trasferì ad Alcalá de Henares, dove entrò a servizio dell'ospedale di Antezana; ivi operò prodigi di carità confermati anche da miracoli, particolarmente per mezzo della devozione a Gesù Bambino che aveva costituito suo procuratore e nel cui nome chiedeva elemosine e aiuti. Da questa intimità prodigiosa col Santo Bambino venne a lui il nome di Francisco del Niño Jesús, che tenne poi come nome proprio da religioso, chiamato così anche dai re e dai grandi di Spagna che lo amavano e veneravano.

Mosso da divina ispirazione a farsi carmelitano scalzo, vinte le resistenze ripetute della città di Alcalá e dello stesso Filippo II che due volte gli ottenne da Roma la dispensa dal voto fatto di rendersi religioso, il 12 aprile 1598 a Madrid ricevette l'abito come fratello converso, emettendo la professione il 13 aprile dell'anno seguente.

Mandato in seguito a Valenza, su richiesta della corte, riuscì con le autorità municipali, a fondarvi - come aveva fatto ad Alcalá - la casa di S. Gregorio per le convertite (1600), appoggiato dall'arcivescovo s. Giovanni de Ribera, che già lo aveva conosciuto a Madrid e che lo venerava come un santo, portandolo con sé anche nelle visite pastorali durante le quali F. insegnava il catechismo e operava prodigi. Salvò Valenza dalla peste, aiutò molte opere pie, costituendovi una « dogana di Gesù Bambino », guardaroba e magazzino dove raccoglieva quanto era necessario per i suoi poveri.

Richiamato dall'obbedienza a Madrid nel dicembre del 1603, poco dopo, a causa del continuo accorrere della gente, dai superiori, che non vedevano bene la sua popolarità e la fama di santità e miracoli che lo seguiva, fu relegato nello sperduto noviziato di Pastrana (Guadalajara) da cui, per lo stesso motivo, fu trasferito nel deserto di Bolarque. Ma presto, assediato anche lì dalle folle, dovette tornare a Pastrana e, infine, di nuovo a Madrid, seguito ovunque da turbe di gente.

Quivi, cercando di sottrarsi ai fedeli per andare incontro ai superiori, nella preghiera e nella penitenza si preparò alla morte che accolse santamente il 26 dicembre 1604, proprio durante le feste del suo Bambino Gesù.

Il 1 gennaio 1769 venne promulgato il decreto sulle virtù eroiche.