Née à Tartanedo dans une famille aisée, elle perd son père à l'âge de quatre ans et hérite d'une fortune considérable. En 1577, du vivant de Thérèse de Jésus, elle entre au monastère des Carmélites Déchaussées de Tolède.

Elle a vécu toute sa vie au monastère de Tolède, à l'exception d'une brève période où elle participa à la fondation d'un Carmel thérésien à Cuerva. Ayant d'abord été chargée d’humbles travaux, elle fut plus tard nommée maîtresse des novices, puis sous-prieure.

Élue prieure, elle est déposée en 1600 suite aux accusations portées contre elle par une religieuse jalouse, Sœur Catherine de l'Ascension, devant le Visiteur. En 1619, après dix-neuf ans de persécution impitoyable et féroce, Sœur Catherine se réconcilie avec Marie de Jésus et meurt paisiblement. Marie de Jésus est alors reconnue innocente en 1620, et en 1624 est réélue à l'unanimité.

Les dix dernières années de sa vie sont marquées par la maladie. Elle meurt à 80 ans, le 13 septembre 1640.

Elle est béatifiée le 14 novembre 1976.