Né à Villapalacios (Espagne) en 1544, il connaît une jeunesse difficile et travaille comme berger.

À vingt ans, il s'installe à Alcalá de Henares, où il entre au service de l'hôpital d'Antezana. Il y accomplit des prodiges de charité confirmés par des miracles, notamment par sa dévotion à l'Enfant Jésus, dont il avait fait son intendant et au nom duquel il demandait aumônes et secours. De cette intimité extraordinaire avec le Saint-Enfant découle le nom de Francisco del Niño Jesús, qu'il gardera plus tard comme nom religieux, nom que lui donnent aussi les rois et les grands d'Espagne qui l'aiment et le vénèrent.

Poussé par une inspiration divine à entrer chez les Carmes Déchaux, il surmonte les résistances répétées de la ville d'Alcalá et du roi Philippe II lui-même, qui par deux fois obtiendra de Rome une dispense de son vœu de devenir religieux. Le 12 avril 1598 à Madrid, il reçoit l'habit de frère convers et fait profession le 13 avril de l'année suivante.

Envoyé plus tard à Valence, à la demande de la Cour, il réussit, avec les autorités municipales, à y fonder - comme il l'avait fait à Alcalá - la maison Saint-Grégoire pour femmes converties (1600). Il était soutenu en cela par l'archevêque saint Jean de Ribera, qui l'avait rencontré à Madrid et le vénérait comme un saint. L’archevêque l'emmenait dans ses visites pastorales au cours desquelles Francisco enseignait le catéchisme et faisait des miracles. Il sauva Valence de la peste, contribua à de nombreuses œuvres pieuses et créa une "Douane de l'Enfant Jésus", un magasin et un dépôt où il recueillait tout le nécessaire pour ses pauvres.

Il fut rappelé par ses supérieurs à Madrid en décembre 1603, en raison de l'affluence constante de personnes. Ses Supérieurs ne voyaient d’un bon œil sa popularité, sa réputation de sainteté et ses miracles. Il fut alors relégué au lointain noviciat de Pastrana. De là, pour la même raison, il fut transféré au Désert de Bolarque. Mais bientôt, assiégé là aussi par la foule, il a dû retourner à Pastrana et finalement à Madrid, suivi partout par une foule de gens.

Dans cette ville, cherchant à s'éloigner des fidèles pour satisfaire ses Supérieurs, il se prépara à la mort dans la prière et la pénitence. Il décède saintement le 26 décembre 1604, en la fête de l'Enfant Jésus.

Le 1er janvier 1769, le décret sur l'héroïcité des vertus est promulgué.