Nacque il 7 febbraio 1619 a Beaune.

I suoi genitori, Pierre Parigot e Jeanne Bat­taille, erano due borghesi influenti e benestanti che indirizzavano prestissimo la bambina ad una vita autenticamente cristiana. All'età di 12 anni Margherita perse entrambi i genitori  e suo zio sacerdote, che aveva donato l'antico chiostro alle carmelitane, non seppe fare di meglio che consegnare la nipote alla custodia delle monache, affidando a loro l'educazione della pia fanciulla.

Così, il 24 settembre, con speciale permesso dei Superiori, ella entrò al Carmelo, ricevendo lo stesso giorno la sua Prima Comunione dalle mani di suo zio. Secondo l'usanza dell'Ordine, le viene imposto un nuovo nome, al quale, in ricordo della segnalata grazia quel dì concessa alla fortunata bimba, fu aggiunto il predicato "del SS. Sacramento".

Sin dal tempo del suo noviziato, ella comprese con sorprendente chiarezza che Dio le aveva affidato una particolare missione. Avrebbe dovuto fare conoscere al mondo i tesori della divina Infanzia e le dolorose sofferenze del Salvatore.

Al Carmelo di Beaune, Margherita non trovò solo profonda comprensione per la sua devozione e per il suo amore di Gesù Bambino, ma anche un fertilissimo terreno in cui il divino granello di frumento avrebbe potuto attecchire e svilupparsi rigogliosamente.

Nei primi anni della sua vita religiosa, ella ebbe indicibilmente a soffrire sotto gli assalti spesso durissimi ed accaniti del perverso nemico. Talvolta sembrava che la povera bambina dovesse lottare con "i principati e le potestà, contro i dominatori di questo mondo di tenebre, contro gli spiriti del male sparsi nell'aria". Tutto però serviva solo a purificare il suo amore, facendo sì che ella si rifugiasse unicamente ai piedi del Piccolo Gesù.

Ogni mattina ed ogni sera, Margherita trascorreva lungo tempo in orazione davanti al Piccolo Gesù. Quando cadde gravemente ammalata e sentì avvicinarsi la sua ultima ora, chiese insistentemente le si volesse accordare la gioia di vedere trasportato il suo caro Re della Grazia in prossimità dell'infer­meria, per poterlo fissare e compiere il suo estremo sacrificio sotto il suo sguardo.

Morì nel 1648, all’età di 20 anni.

Il decreto sulle virtù eroiche è stato promulgato il 10 dicembre 1905.